关于的使用方法，应注意以下一些方面：
生物显微镜的取送应用右手握镜臂、左手托镜座，同时置于胸前。
的旋转应使镜筒朝前，镜臂朝后；同时应置于观察者座位前的桌上，偏向于身体左侧，以便左眼向目镜内观察；应置于桌子内侧，距桌沿5cm左右。
对光时，应转动粗准焦螺旋，使镜筒缓慢上升，再转动转换器，令低倍物镜对准通光孔；然后用手指转动遮光器，令zui大光圈对准通光孔，使左眼向目镜内注视，同时再转动反光镜，使其朝向光源，令视野内亮度均匀合适。
低倍物镜的使用应用手转动粗准焦螺旋，使镜筒缓慢下降，再用两眼从侧面注视物镜镜头，当物镜镜头与载物台的玻片相距2mm-3mm时即停止。再用左眼向目镜内注视，并转动粗准焦螺旋，使镜筒缓慢上升，直到看清物体影象为止。
在使用高倍物镜之前，必须先用低倍物镜找到观察的影象，并调到视野的中央，然后转动转换器，再换高倍镜。在换用高倍镜后，视野内亮度已变暗，一般适宜选用较大的光圈，并应使用反光镜的凹面，然后再调节细准焦螺旋。
在使用反光镜时，反光镜通常是与遮光器配合使用的，以更好的调节视野内的亮度。反光镜有平面和凹面。在对光时，如果视野光线过强，则使用反光镜的平面，同时可使用较小的光圈；如果视野内光线较弱，则可使用反光镜的凹面，或使用较大的光圈。
在擦拭镜头时应用专门的擦镜纸；同时，在擦镜头时，应先将擦镜纸折叠，然后再朝一个方向轻轻擦，切记不可来回擦或转动擦；如镜头被油污污染，则可在擦镜纸上滴上二甲苯，再按上述方法进行擦拭。
应注意的是，奥林巴斯显微镜的放大对象是物体的长和宽，而不是面积，更不是体积。同时也应注意，显微镜使用时物象移动方向是相反的，即物象在视野何方，则装片即应向该方向移动。
关于使用时异物判断的问题，异物可能附着在目镜、物镜或装片上，通常应先通过移动玻片，转动转换器来判断，然后再在目镜上观察，以辩明异物所在。
zui后，奥林巴斯CX21显微镜使用完毕后，应先将玻片取下，再将其机械部分用白纱布轻轻擦拭干净；然后转动转换器，让两个物镜移至两旁；再通过转动粗准焦螺旋，使镜筒下降至zui低点，zui后将反光镜竖起，再蒙上绸布，然后将显微镜安全锁入箱内。
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